1) mRNAの配列とエクソン-エクソンジャンクションの位置を確認する。一応、Coding regionの範囲も確認する。
2) プライマーで挟みたいエクソン-エクソンジャンクションをマークする。
3) 得たい増幅産物の長さ(例えば、~150bp)を考慮し、mRNAの配列のうち【プライマーの設計に使える範囲】を確認する。
4) mRNAの配列上の反復配列やGCの極端な偏りを考慮して、プライマーの設計に使えない部分を排除していく。
・・・ここまでやったら、私はPrimer Bankなどのウェブサービスや支援ソフトの力を借ります。
・プライマーの設計(1/3)
・プライマーの設計(2/3)
・プライマーの設計(3/3)
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